Деревянная церковь во имя святого преподобного Иоанна Лествичника была построена на средства купца Ивана Герасимовича Гадалова на окраине Томска.
В 1908 году при храме было основано церковно-приходское попечительство.
Прихожан обоего пола в приходе числилось 1760, в том числе раскольников 12 человек (в 1914 году).
В 1920 году община церкви заключила договор с Томским Окружным Административным отделом на пользование церковным зданием.
В 1922 году священник Иоанно-Лествичной церкви Петр Блинов, разделявший идеи обновленчества, привлекал в церковь большое количество слушателей. Получив строгое предупреждение со стороны Томского Епископа Виктора (Богоявленского), он на время затих. Но в разгар кампании по изъятию церковных ценностей он 2 июня 1922 года собрал инициативную группу из числа духовенства и мирян и объявил о создании «Живой церкви». В отсутствие в Томске епископа (Преосвященный Виктор был арестован и осужден), найдя поддержку у властей, обновленцы 2 октября провели Всесибирский съезд, на котором священник Петр Блинов был объявлен первым в истории Русской Православной Церкви женатым епископом.
В январе 1925 года в общину церкви Иоанна Лествичника влились прихожане закрытой Никольской церкви на станции Томск II. Обе общины порвали отношения с обновленчеством и присоединилась к архиепископу Димитрию (Беликову), который совершил здесь архиерейское богослужение в престольный праздник 29 марта '26. Вслед за архиепископом Димитрием община в 1928 году присоединилась к ВВЦС. В то время община насчитывала 389 человек 12.
В 1935 году в общине произошло разделение. Часть прихожан приняла решение отойти от «григорианцев» и войти в каноническое общение с архиереем Московской Патриархии.
В 1937 году было уничтожено томское духовенство, и храм остался без богослужений. Под предлогом нехватки помещений для ссыпки зерна, Томский Горсовет принял решение 17 октября 1938 года пустующее здание церкви Иоанна Лествичника занять под склад. Но из Новосибирского Облисполкома пришло предупреждение, что «закрыть церковь без постановления президиума Облисполкома никто не имеет права».
В январе 1940 года томские верующие нашли и пригласили быть настоятелем Иоанно-Лествичной церкви священника Тимофея Ивановича Галочку. С появлением священника церковная жизнь оживилась. Весной началась пропагандистская антицерковная кампания. Пожилой священник не выдержал и 12 апреля скончался. Газета «Красное Знамя» 21 апреля опубликовала фельетон С.Ангорина «Птички божьи» о том, что священник Галочка умер в храме после пьяной оргии. Возмущенная общественность на собраниях по инициативе воинствующих безбожников стала требовать закрытия церкви. Письмо верующих с опровержением фельетона (70-летний священник Тимофей Иванович Гапочка никогда не пил, был очень болен сердцем и желудком, страдал головокружением, малокровием и в силу этого не мог устраивать пьяных оргий), осталось без внимания 13°.
Новосибирский Облисполком 29 мая 1940 года удовлетворил ходатайство Томского Горисполкома о закрытии церкви Иоанна Лествичника по улице Ново-Киевской, 22. Церковное здание решено было использовать под школу. Закрытая церковь вскоре сгорела. Позже на ее фундаменте построен двухэтажный деревянный жилой дом.
