Епархиальный архитектор Константин Николаевич Еремеев составил в 1850-х годах проект на сооружение часовни» по точному размеру Иверской часовни, находившейся в Москве у Кремлевских ворот. Часовня завершалась бронзовой скульптурой ангела-хранителя России.
По православной традиции, места, на которых ранее были освящены алтари, отмечались особым образом. В центре торговой площади, где некогда стояла первая Богоявленская церковь, была выстроена часовня во имя иконы Божьей Матери "Иверская".Имеются сведения, что таким образом также почтили память солдат Томского гренадёрского полка, погибших в Крымскую войну (1853–1856). По народной традиции Иверские часовни служили духовными вратами городов, сюда люди приходили помолиться перед дальней дорогой или после долгого пути.
Часовня была возведена на средства С.П.Петрова (учредителя торгового дома «Михайлов и Малышев») и освящена Епископом Парфением (Поповым).
Главной ее святыней была копия чудотворной иконы Иверской Божией Матери, привезенная со святой горы Афон.
Служба в часовне при свете большой серебряной лампады совершалась в течение суток непрерывно. Лампада называлась "Негасимой".
Площадь перед часовней нередко служила для проведения народных праздников, парадов и смотров пожарных частей.
В 1891 году перед часовней был выстроен особый павильон для торжественной встречи Иверские часовни в честь почитаемой в России иконы, по народной традицнаследника российского престола – будущего императора Николая II, здесь наследник остановился для молитвы, а перед часовней прошло торжество встречи горожан будущего помазанника Божия.
С 1922 года часовня находилась в ведении обновленцев.
В 1932 году часовня была закрыта.
В 1933 году часовню разрушили..
В 2002 году часовня воссоздана и освящена 26 мая патриархом Алексием Вторым, находившемся в это время с визитом в Томске. В этом же году, на горе Афон, по просьбе епископа Ростислава, монахом был еще раз написан список (копия) Иверской иконы Божией Матери. Икону приложили к подлинному образу, освятили и отправили в нашу страну.