Часовня первоначально была сооружена в десятке метров на северо-восток от Казанской церкви на территории Богородице-Алексеевского мужского монастыря. Первоначально (с 1864 г.) могилу старца с деревянным восьмиконечным крестом отмечали четыре кедра, посаженные по углам ограды.
В советский период часовня была разрушена, могила старца обращена в отхожее место, а затем завалена мусором и потеряна.
В 1984 году старец Феодор Козьмич был причислен к «Собору сибирских святых и подвижников благочестия».
В 1995 году на месте могилы были произведены раскопки, обретенные мощи старца положены в специальную раку в Казанской церкви Богородице-Алексеевского мужского монастыря.
В 1997 году на месте разрушенной часовни была сооружена новая, точная копия прежней.