Двухэтажное кирпичное оштукатуренное здание имеет традиционную трехчастную схему (храм с апсидой - трапезная - колокольня).
Храм построен вместо старой деревянной «Христокрещенской» церкви (упоминалась в 1633 году, на ее месте в середине XIX века была воздвигнута часовня Иверской иконы Божией Матери).
В Богоявленской церкви 6 августа 1804 года в праздник Преображения Господня было провозглашено образование Томской губернии.
Каждый год 6 января из храма в честь престольного праздника устраивался крестный ход на реку Томь для совершения обряда Великого водоосвящения.
В 1892 году при храме открылось церковно-приходское попечительство, в 1898 году - церковно-приходская школа, в которой обучалось 87 человек.
В церковной библиотеке имелось до 400 книг.
Прихожан обоего пола 128 чел. (в 1910 году).
На церковной земле находились каменные двухэтажные лавки, сдававшиеся в наем. На эти средства содержался храм и причт.
В 1920 году храм был национализирован и передан по договору в пользование приходской общине.
В 1922 году во время конфискации церковного имущества в помощь голодающим были обвинены в сокрытии ценностей и арестованы священник Константин Лебедев и староста П.Нестеров. После захвата обновленцами в 1922 году церковной власти в Томске храм в течение трех лет находился под их управлением.
15 октября 1925 года община храма приняла решение вернуться в каноническую церковь под начало архиепископа Дмитрия Беликова.
С 1928 года Богоявленский приход находился в юрисдикции Временного Высшего Церковного Совета (ВВЦС), сторонники которого по имени инициатора екатеринбургского епископа Григория (Яцковского) в народе назывались «григорианцами».
В 1929 году власти предъявили прихожанам непомерные требования - провести срочный ремонт храма, а 4 ноября 1929 года, несмотря на то, что община насчитывала 215 человек, постановлением Сибирского Крайисполкома Богоявленский храм был закрыт. В здании разместили курсы "Сибжелдорстроя".
В годы Великой Отечественной войны здание закрытого храма передали эвакуированному заводу "Красный богатырь", преобразованному позже в Томский завод резиновой обуви.
В 1996 году полуразрушенное здание Богоявленского храма было возвращено Русской Православной Церкви.
В настоящее время храм отреставрирован и заново освящен. В храме совершаются ежедневные богослужения. Является кафедральным собором Томской епархии.
 Посмотреть фото
							НВ 836-8 Благовещенская церковь, Ратуша и Городская Дума в городе Томска_о.jpg
					
						
							Посмотреть фото
							НВ 836-8 Благовещенская церковь, Ратуша и Городская Дума в городе Томска_о.jpg
						
					
				
			
			
			
			
		
							
					 Посмотреть фото
							7150_~1.JPG
					
						
							Посмотреть фото
							7150_~1.JPG
						
					
				
			
			
			
			
		
							
					 Посмотреть фото
							НВ 3198-2 Вид на часовню и Богоявленскую церковь со стороны Миллионной улицы.jpg
					
						
							Посмотреть фото
							НВ 3198-2 Вид на часовню и Богоявленскую церковь со стороны Миллионной улицы.jpg
						
					
				
			
			
			
			
		
							
					 Посмотреть фото
							НВ 3197-2 Базарные ряды в день приезда наследника Николая. 1892 г..jpg
					
						
							Посмотреть фото
							НВ 3197-2 Базарные ряды в день приезда наследника Николая. 1892 г..jpg
						
					
				
			
			
			
			
		
							
					 Посмотреть фото
							ТОКМ 10689-20 Томск. Богоявленская церковь и часовня Иверской Божьей матери.jpg
					
						
							Посмотреть фото
							ТОКМ 10689-20 Томск. Богоявленская церковь и часовня Иверской Божьей матери.jpg
						
					
				
			
			
			
			
		
							
					 Посмотреть фото
							ФФ 7578-50 Томск. Ледоход на Ушайке.jpg
					
						
							Посмотреть фото
							ФФ 7578-50 Томск. Ледоход на Ушайке.jpg
						
					
				
			
			
			
			
		
							
					 Посмотреть фото
							ТОКМ 10703-336 Томск. Базарная площадь. Начало XX в. .jpg
					
						
							Посмотреть фото
							ТОКМ 10703-336 Томск. Базарная площадь. Начало XX в. .jpg
						
					
				
			
			
			
			
		
							
					 Посмотреть фото
							ФФ 70 Общий вид города Томска 1907 г. № 1 Фото Соловкина.JPG
					
						
							Посмотреть фото
							ФФ 70 Общий вид города Томска 1907 г. № 1 Фото Соловкина.JPG
						
					
				
			
			
			
			
		
							
					 Посмотреть фото
							ТОКМ 10243  Альбом Кекина В., томского велогонщика. л.9. Богоявленский собор.jpg
					
						
							Посмотреть фото
							ТОКМ 10243  Альбом Кекина В., томского велогонщика. л.9. Богоявленский собор.jpg
						
					
				
			
			
			
			
		
							
					 Посмотреть фото
							НФ 1681 Богоявленская церковь.jpg
					
						
							Посмотреть фото
							НФ 1681 Богоявленская церковь.jpg
						
					
				
			
			
			
			
		
							
					 Посмотреть фото
							ТОКМ 10703-334 Томск. Базарная площадь. 1920-е гг..jpg
					
						
							Посмотреть фото
							ТОКМ 10703-334 Томск. Базарная площадь. 1920-е гг..jpg